《忍者神龟3：曼哈顿计划》（Teenage Mutant Ninja Turtles III: The Manhattan Project）是 Konami 在 FC 上推出的原创续作，并非街机移植。勒大治汉化 MS 修正版。这被公认为是 FC 三部曲中素质最高的一作。
游戏最大的进化在于引入了“绝招”系统：每只乌龟都能消耗一格血量释放无敌必杀技（如扫堂腿、旋风攻击），大大增强了战术性。关卡设计极其丰富，从佛罗里达海滩到漂浮的曼哈顿岛，流程超长。画面色彩鲜艳，敌人种类翻倍。对于神龟粉丝来说，这才是 FC 上真正的巅峰体验。
